Der Preis soll alle zwei Jahre an eine Nachwuchswissenschaftlerin bzw. an einen Nachwuchswissenschaftler der Universität Augsburg gehen, die oder der sich in herausragenden Forschungsarbeiten auch mit Nachhaltigkeit und der sozialen Komponente in der Wirtschaft auseinandersetzt. Sein so ausgerichtetes wissenschaftsförderndes Engagement sieht das Haus Fugger in der Tradition der von Anton Fugger in der ersten Hälfte des 16. Jahrhunderts begründeten Studienstiftungen, deren Ziel bis in die Napoleonische Zeit hinein es war, die junge Intelligenz aus den Fuggerschen Herrschaftsgebieten zu fördern und ihr Studien an damals führenden Universitäten wie Ingolstadt, Dillingen oder Löwen zu ermöglichen. In dieser Traditionslinie gesehen werden kann auch jene Initiativsitzung zur Gründung der Universität Augsburg, zu der Joseph Ernst Fürst Fugger von Glött im Frühjahr 1966 in die Leonhardskapelle der Fuggerei einlud, in der im November 2010 auch die erstmalige Verleihung des neuen "Fuggerpreises für die Wissenschaft" gefeiert wurde.
Preisträgerinnen und Preisträger