Der Stiftungsvorstand besteht aus dem Präsidenten/der Präsidentin der Universität Augsburg als Vorsitzendem/Vorsitzender, dem Kanzler/der Kanzlerin als stellvertretendem Vorsitzenden/stellvertretender Vorsitzender und einem/einer für die Dauer von zwei Jahren durch die Erweiterte Universitätsleitung benannten Hochschullehrer(in).
Die Aufgaben der Stiftungsorgane sind in der Satzung wie folgt festgelegt:
Das Bayerische Staatsministerium für Unterricht und Kultus erteilte am 18.12.1984 der Augsburger Universitätsstiftung nach § 80 BGB und Art. 4, 5 und 6 des Bayerischen Stiftungsgesetzes die staatliche Genehmigung als Stiftung des öffentlichen Rechts. Die Stiftung wurde damit rechtsfähig. Gleichzeitig wurde die Stiftungssatzung genehmigt. Nachdem im Januar 1985 die Gemeinnützigkeit der Stiftung durch das Finanzamt Augsburg-Stadt anerkannt wurde, war die Gründungsphase abgeschlossen.
In der Folgezeit strebte der Stiftungsvorstand vorrangig die Aufstockung des Grundstockvermögens an. Dank verschiedener Zustiftungen beläuft sich das Grundstockvermögen aktuell auf nahezu € 1.800.000 (nicht eingerechnet einige Kunstwerke).
Hinzu traten im Laufe der Jahre verschiedene Verbrauchsstiftungen, beispielsweise zur Förderung von Forschungsschwerpunkten, für die Herausgabe wissenschaftlicher Publikationen und für das 1989 eingerichtete Fach Experimentalphysik. Auf den Mindelheimer Unternehmer Dr. h . c. B. Grob, der sich auch besondere Verdienste um die Errichtung des Faches Physik an der Universität Augsburg erwarb, geht die Dotierung eines Stipendien-Fonds für hochbegabte Studierende der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät zurück, in dessen Rahmen seit 1991 für die Dauer von 10 Jahren jährlich DM 40.000 zur Verfügung standen.
Der Erlös aus dem Verkauf des Hauses, das der verstorbene Mitbegründer der Universitätsstiftung, Max Gutmann, in seinem Vermächtnis der Universität Augsburg hinterlassen hatte, ging als Verbrauchsstiftung in Höhe von DM 615.000 im Frühjahr 1997 an die Stiftung. Herr Alfred Gutmann - der Bruder und Alleinerbe von Max Gutmann - hat diesen Betrag unter der Auflage gespendet, ihn für eine dauerhafte Unterbringungsmöglichkeit von Gästen der Universität zu verwenden. Ende 2000 stand fest, dass die mit dem Vermächtnis verbundene Auflage durch die Integration von zwei Gästewohnungen in ein neu vom Freistaat zu bauendes Institutsgebäude auf dem Universitätscampus erfüllt werden kann. Der Bau ist zwischenzeitlich abgeschlossen.