Das ISLA ist institutionelles Mitglied der Arbeitsgemeinschaft Deutsche Lateinamerika-Forschung (ADLAF) und unterhält intensive Beziehungen zum Instituto Cervantes (München), zum Instituto Camões (Lissabon), zur Oficina Cultural und zur Consejería de Educacion y Ciencia der Botschaft des Königreiches Spanien (Berlin) sowie zur Botschaft der Republik Portugal (Berlin). Über seine Mitglieder kooperiert es mit einer Reihe von Hochschulen in spanisch- und portugiesischsprachigen Ländern. Es ist in besonderer Weise dem 1976 eingerichteten und 1977 in den Bayerischen Hochschulgesamtplan (Anlage 8a, Ziffer 6) aufgenommenen Forschungsschwerpunkt Lateinamerika der Universität Augsburg verpflichtet. Zusammen mit dem Zentralinstitut 06, Sektion Lateinamerika der Universität Erlangen-Nürnberg und dem Zentralinstitut für Lateinamerika-Studien von der Universität Eichstätt gibt es die Schriftenreihe Mesa Redonda heraus.