Prof. Dr. rer. nat. Regina Fluhrer studierte Lebensmittelchemie an der Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU) und der Technischen Universität München (TUM). Im Rahmen ihrer Promotion (2000–2003) am Institut für Stoffwechselbiochemie der LMU München untersuchte sie die katalytischen Spezifitäten der beiden Aspartylproteasen BACE-1 (ß-site APP cleaving enzyme), einem Schlüsselfaktor bei der Entstehung der Alzheimererkrankung, und BACE-2. Als Postdoktorandin (2003–2005) begann Prof. Fluhrer sich zunehmend für Intramembranproteasen zu interessieren. 2008 schloss sie ihre Habilitationsarbeit ab und leitete bis 2019 eine wissenschaftliche Arbeitsgruppe an der LMU München sowie am Deutschen Zentrum für Neurodegenerative Erkrankungen (DZNE), die sich schwerpunktmäßig mit der Funktion der Signalpeptid-Peptidase-Familie (SPP/SPPL) beschäftigt.

Für ihre Forschungsarbeiten erhielt sie den Böhringer-Ingelheim-APOPIS-Preis für Nachwuchswissenschaftler. Von 2006 bis 2019 leitete Prof. Fluhrer hauptverantwortlich die Seminare der Biochemie/Molekularbiologie für Studierende der Human- und Zahnmedizin an der LMU München.

Seit April 2019 ist sie Inhaberin des Lehrstuhls für Biochemie und Molekularbiologie an der neu gegründeten medizinischen Fakultät der Universität Augsburg. Sie engagiert sich in zahlreichen Gremien für die Weiterentwicklung des medizinischen Curriculums und wurde dafür 2012 mit dem Preis für gute Lehre des bayerischen Staatsministers ausgezeichnet.