Leitung der Bioinformatik Core Facility (m/w/d), Fakultät für Angewandte Informatik

Am Lehrstuhl für Biomedizinische Informatik, Data Mining und Data Analytics an der Fakultät für Angewandte Informatik der Universität Augsburg ist zum nächstmöglichen Zeitpunkt die Stelle der

Leitung der Bioinformatik Core Facility (m/w/d)

im Beamtenverhältnis auf Probe bzw. auf Lebenszeit oder in einem unbefristeten Beschäftigungsverhältnis zu besetzen. Die Besoldung erfolgt gemäß Art. 20 BayHSchPG bei Vorliegen der entsprechenden persönlichen und beamtenrechtlichen Voraussetzungen bis zur Besoldungsgruppe A14 (Akademischer Oberrat). Bei Vorliegen der persönlichen und tariflichen Voraussetzung erfolgt die Vergütung bis zur Entgeltgruppe 14 TV-L. Die Stelle ist teilzeitfähig, sofern durch Job-Sharing die ganztägige Wahrnehmung der Aufgaben gesichert ist.

Der wissenschaftliche Fokus am Lehrstuhl für Biomedizinische Informatik, Data Mining und Data Analytics liegt auf der Entwicklung und Anwendung von komplexen bioinformatischen Methoden in interdisziplinären Forschungsprojekten. Thematisch reichen unsere Projekte von der Grundlagenforschung bis zur translationalen biomedizinischen Forschung. In Zusammenarbeit mit der Medizinischen Fakultät der Universität Augsburg und dem Universitätsklinikum Augsburg etablieren wir eine Bioinformatik Core Facility, die als zentrale Einheit der Universität Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler der experimentellen und klinischen Forschung bei der Planung und Durchführung von Forschungsvorhaben, die bioinformatische Analysen erfordern, unterstützen wird.

Ihre Aufgaben

  • Konzeption und Durchführung von bioinformatischen Analysen von genomischen Daten und anderen Hochdurchsatzdaten aus der biomedizinischen Forschung
  • Etablierung standardisierter Workflows für die Analyse von Next-Generation-Sequencing-Daten und anderen Omics-Daten
  • Entwicklung, Verbesserung und Anwendung von Methoden zur Datenanalyse und Datenintegration
  • Beratung von Kooperationspartnerinnen und Kooperationspartnern bei der Konzeption, Planung und Durchführung von Forschungsprojekten
  • Beantragung und Koordination eigener Forschungsprojekte
  • eigenständige Konzeption und Durchführung von Lehrveranstaltungen im Fachbereich Biomedizinische Informatik
  • Planung und Koordination von Hardware-Beschaffungen (Aufbau von IT- und Analyse-Infrastrukturen)
  • Personalführung und Budgetverwaltung
  • Kommunikation und Öffentlichkeitsarbeit
  • Beteiligung am Aufbau der Core Facility einschl. der Möglichkeit zur Mitwirkung bei Personalauswahl, Konzeption und Antragstellungen im Kontext der Etablierung der Core Facility

Ihr Profil

  • Hochschulabschluss in Bioinformatik oder einem verwandten Fachgebiet sowie eine überdurchschnittlich abgeschlossene Promotion in diesem Fachgebiet
  • eine mindestens zweijährige wissenschaftliche oder praktische hauptberufliche Tätigkeit im einschlägigen Fachgebiet nach dem Erwerb dieses Doktorgrades
  • mehrjährige Erfahrung in der eigenverantwortlichen Durchführung von (im besten Falle interdisziplinär ausgerichteten) Kooperationsprojekten an der Schnittstelle zwischen biomedizinischer Forschung und Bioinformatik
  • Führungskompetenz mit mehrjähriger Erfahrung in der Anleitung von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern im Bereich der bioinformatischen Datenanalyse
  • exzellente Kenntnisse in der Analyse von Next-Generation-Sequencing-Daten verschiedener Modalitäten (Genom, Transkriptom, Epigenom etc.) auf Bulk- und Einzelzellebene
  • fundierte Erfahrung mit wissenschaftlichem Rechnen (performantes Rechnen mit multidimensionalen Arrays etc.), statistischer Datenanalyse und Maschinenlernen
  • fundierte Erfahrung mit Workflow-Managementsystemen (z. B. Snakemake, Nextflow) und kontrollierten Software-Umgebungen (z. B. Docker, Singularity, Conda)
  • Erfahrungen in der Gestaltung und Durchführung reproduzierbarer bioinformatischer Analysen sowie in der Anwendung der FAIR-Prinzipien
  • sehr gute Programmierkenntnisse in Python (bevorzugt) und/oder anderen Programmiersprachen wie R, Julia, etc.
  • sehr gute Statistik-Kenntnisse
  • mehrjährige Erfahrung in der eigenverantwortlichen Konzeption und erfolgreichen Durchführung eigener Forschungsprojekte
  • umfangreiche Erfahrung in der eigenverantwortlichen Einwerbung von Drittmitteln
  • ausgeprägtes Kommunikationstalent und Erfahrung im nationalen und internationalen wissenschaftlichen Umfeld
  • sehr gute Sprachkenntnisse in Deutsch und Englisch in Wort und Schrift
  • Kenntnisse und Anwendungserfahrung von Datenschutz nach DSGVO

Wir bieten

  • eine abwechslungsreiche und anspruchsvolle Tätigkeit
  • Möglichkeit zur grundlegenden Gestaltung einer neuen wissenschaftlichen Serviceeinheit (Konzept, Personalauswahl, inhaltliche Schwerpunktsetzungen)
  • ein motiviertes und dynamisches interdisziplinäres Team
  • umfangreiche Fort- und Weiterbildungsmöglichkeiten
  • interdisziplinäre Forschungsprojekte zu zukunftsweisenden Themenfeldern in spannenden Kooperationen, bspw. mit den Universitätskliniken in Augsburg, Heidelberg oder Ulm oder mit dem Deutschen Krebsforschungszentrum (DKFZ) in Heidelberg
  • Möglichkeit zur Habilitation

Haben Sie noch Fragen?

Dann melden Sie sich gerne bei Prof. Dr. Matthias Schlesner ( office.bioinf@informatik.uni-augsburg.de).

Bewerbung

Die Universität Augsburg fördert die berufliche Gleichstellung von Frauen. Frauen werden ausdrücklich aufgefordert, sich zu bewerben. Die Universität Augsburg setzt sich besonders für die Vereinbarkeit von Familie und Erwerbsleben ein. Für weitere Informationen wenden Sie sich bitte an die Frauenbeauftragte der Fakultät.

Schwerbehinderte Bewerberinnen und Bewerber (m/w/d) werden bei ansonsten im Wesentlichen gleicher Eignung, Befähigung und fachlicher Leistung bevorzugt eingestellt.

Bitte senden Sie Ihre vollständige Bewerbung (Motivationsschreiben, Lebenslauf, Zeugnisse und Urkunden, Arbeitsproben falls vorhanden (bspw. Links zu github), Kontaktdaten von mindestens zwei Referenzen) in Form einer einzigen PDF-Datei bis spätestens

12. September 2022

ausschließlich auf elektronischem Wege an den Lehrstuhlinhaber, Prof. Dr. Matthias Schlesner ( office.bioinf@informatik.uni-augsburg.de).

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