Am Lehrstuhl für Biomedizinische Informatik, Data Mining und Data Analytics
an der Fakultät für Angewandte Informatik der Universität Augsburg ist zum nächstmöglichen Zeitpunkt eine Stelle für eine/n

Akademische Rätin/Akademischen Rat auf Zeit (m/w/d)
(BesGr. A 13)

oder für eine/einen

Wissenschaftliche Mitarbeiterin/Wissenschaftlichen Mitarbeiter (m/w/d)
(Entgeltgruppe 13 TV-L)

im Bereich der Medizinischen Bioinformatik

im Umfang der regelmäßigen Arbeitszeit in einem zunächst auf drei Jahre befristeten Beamten- oder Beschäftigungsverhältnis zu besetzen. Die Stelle ist teilzeitfähig, sofern durch Job-Sharing die ganztägige Wahrnehmung der Aufgaben gesichert ist.

Der wissenschaftliche Fokus am Lehrstuhl für Biomedizinische Informatik, Data Mining und Data Analytics liegt auf der Entwicklung und Anwendung von komplexen bioinformatischen Methoden in interdisziplinären Forschungsprojekten. Thematisch reichen unsere Projekte von der Grundlagenforschung bis zur translationalen biomedizinischen Forschung. In der Grundlagenforschung sind wir besonders an der Regulation von zellulärer Identität interessiert, beispielsweise im Rahmen von Differenzierungsprozessen. Darauf aufbauend untersuchen wir molekulare Krankheitsmechanismen, insbesondere von Tumorerkrankungen, und entwickeln neue klinische Biomarker. Unsere Expertise im Bereich der Multi-Omics Datenanalyse nutzen wir zudem, um molekulare Diagnostik für das Molekulare Tumorboard am Universitätsklinikum Augsburg bereitzustellen. In unseren Projekten nutzen wir neueste Entwicklungen sowie etablierte Methoden im Bereich der Prozessierung von Next-Generation Sequencing Daten, des Feature Engineering, der statistischen Modellierung sowie des Maschinenlernens, um biomedizinische Hochdurchsatzdaten zu analysieren. Wir arbeiten mit verschiedenen anspruchsvollen experimentellen Designs, beispielsweise Tumorproben mit räumlicher und longitudinaler Auflösung, Flüssigbiopsie-Daten oder komplexen Einzelzellstudien.

Ihre Aufgaben

• Arbeit in interdisziplinären Forschungsprojekten
• Bioinformatische Analysen von komplexen Multi-Omics Datensätzen
• Softwareentwicklung in Python oder R
• Workflowentwicklung für die Prozessierung von Next-Generation Sequencing- und anderen Omics-Daten
• Entwicklung und Anwendung von fortgeschrittenen Methoden im Bereich des Maschinenlernens und der statistischen Modellierung
• Übernahme von 5 Lehrveranstaltungsstunden

Ihr Profil

• Abschluss (Diplom / M.Sc.) in Bioinformatik, Medizinischer Informatik, Informatik, Biologie mit starkem bioinformatischem Schwerpunkt oder einem ähnlichen Fachgebiet
• Für ein Beamtenverhältnis auf Zeit: Erwerb des Doktorgrads in einem o.g. einschlägigen Fach
• Flüssige Sprachkenntnisse in Deutsch und Englisch
• Gute Programmierkenntnisse in Python (bevorzugt) und/oder anderen Programmiersprachen wie R, Julia, etc.
• Erfahrung in der Verarbeitung hochdimensionaler biomedizinischer Daten (Dataframe-Handhabung etc.) und Datenvisualisierung
• Grundlegende Erfahrung mit wissenschaftlichem Rechnen (performantes Rechnen mit multidimensionalen Arrays etc.), statistischer Datenanalyse und Maschinenlernen
• Grundlegende biologische und biomedizinische Kenntnisse sind wünschenswert
• Erfahrung mit der Prozessierung von Next-Generation Sequencing Daten ist wünschenswert
• Erfahrung mit Workflowentwicklung (bspw. snakemake, nextflow) ist wünschenswert

Wir bieten

• Ein motiviertes und hilfsbereites interdisziplinäres Team
• Möglichkeit ein breites Spektrum an bioinformatischen Methoden zu erlernen und anzuwenden
• Interdisziplinäre Forschungsprojekte in spannenden Kooperationen, bspw. mit den Universitätskliniken in Augsburg, Heidelberg oder Ulm oder mit dem Deutschen Krebsforschungszentrum in Heidelberg
• Möglichkeit zur Promotion bzw. Habilitation

Haben Sie noch Fragen?

Dann melden Sie sich gerne bei Prof. Dr. Matthias Schlesner ( office.bioinf@informatik.uni-augsburg.de).

Bewerbung

Die Universität Augsburg fördert die berufliche Gleichstellung von Frauen. Frauen werden ausdrücklich aufgefordert, sich zu bewerben.
Die Universität Augsburg setzt sich besonders für die Vereinbarkeit von Familie und Erwerbsleben ein. Für weitere Informationen wenden Sie sich bitte an die Frauenbeauftragte der Fakultät.
Schwerbehinderte Bewerberinnen und Bewerber (m/w/d) werden bei ansonsten im Wesentlichen gleicher Eignung, Befähigung und fachlicher Leistung bevorzugt eingestellt.

Bitte senden Sie ihre vollständige Bewerbung (Motivationsschreiben mit einer Beschreibung der Forschungsinteressen bzw. einer Ideenskizze für ein Forschungsprojekt, Lebenslauf, Zeugnisse und Urkunden, Arbeitsproben falls vorhanden (bspw. Links zu github), Kontaktdaten von mindestens zwei Referenzen) in Form einer einzigen PDF-Datei bis spätestens

02. April 2023

an den Lehrstuhlinhaber, Prof. Dr. Matthias Schlesner ( office.bioinf@informatik.uni-augsburg.de).