Das Dekanat ist Schnittstelle zwischen Professoren, Studierenden und Universitätsverwaltung und zuständig für den organisatorischen Ablauf an der Medizinischen Fakultät.

Im Department of Medical Education Augsburg DEMEDA arbeiten das frühere Studiendekanat/Studiengangsentwicklung & Management und der Lehrstuhl für Medizindidaktik und Ausbildungsforschung unter einem gemeinsamen Dach zusammen. Neueste Forschungsergebnisse fließen in die inhaltliche Ausgestaltung und das Management des Studiengangs ein, gleichzeitig geben Erfahrungen aus der Praxis Impulse für neue Forschungsfragen.

An der Medizinischen Fakultät gibt es einen Fakultätsrat, in dem Vertreterinnen und Vertreter aus allen Bereichen der Fakultät Mitglied sind, sowie eine Prüfungskommission.

Im Endausbau wird die Medizinische Fakultät über 101 Lehrstühle und Professuren verfügen, im Moment befindet sie sich noch im Aufbau.

Die Universität Augsburg hat mit dem Universitätsklinikum und dem Bezirkskrankenhaus zwei klinische Partner, die eine exzellente Krankenversorgung für die Bevölkerung in der gesamten Region sicherstellen.

Die Medizinische Fakultät organisiert an zentraler Stelle aufeinander abgestimmte Verfahren zur Evaluation und Qualitätsentwicklung. Hierbei stehen die Prozess- und Strukturqualität des Augsburger Modellstudiengangs im Vordergrund.