Karsten Nagel begann bereits mit 15 Jahren bei Walter Urbach am Meistersinger-Konservatorium Nürnberg sein Fagottstudium und übernahm mit 17 Jahren im Philharmonischen Orchester der Stadt Nürnberg die Stelle des ersten Fagottisten. Währenddessen erhielt er als Mitglied des Roseau-Quintetts mehrere Preise und Auszeichnungen, unter anderem beim Deutschen Musikwettbewerb Bonn und beim 7. Internationalen Kammermusikwettbewerb Tokio, außerdem den Kulturförderpreis des Freistaates Bayern. In dieser Zeit schloss er außerdem sein Aufbaustudium an der Herbert-von-Karajan-Stiftung Berlin ab.

1990 wechselte er an die Bayerische Staatsoper München, an der er elf Jahre erster Solofagottist des Bayerischen Staatsorchesters war. Ab 1994 unterrichtete er an der Hochschule für Musik und Theater München, seit 1996 am Meistersinger-Konservatorium Nürnberg (später Hochschule für Musik Nürnberg-Augsburg).

2001 erfolgte die Ernennung zum Professor für Fagott und Kammermusik. In dieser Funktion ist er auch heute am Leopold- Mozart-Zentrum tätig.

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