Die regelmäßige Ausschreibung von Fellowships für Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler ist eines der zentralen Instrumente des Jakob-Fugger-Zentrums. Ein Fellowship am Jakob-Fugger-Zentrum ist für die jeweiligen Forscherinnen und Forscher mit einer starken Reduktion des Lehrdeputats verbunden. Auf diese Weise haben die Fellows am Jakob-Fugger-Zentrum die Gelegenheit, konzentriert an einem innovativen Forschungsvorhaben zu arbeiten und letztlich einen Drittmittelantrag dazu vorzubereiten. Mit den finanziellen Mitteln des Fellowships können die Fellows die notwendige Vertretung für ihre Lehrstühle oder Professuren finanzieren.

Fellowships fördern international vernetzte Forschungsverbundvorhaben mit interdisziplinärer Ausrichtung bzw. solche mit ausreichend Potenzial zur interdisziplinären Vernetzung, so dass damit mittel- und langfristig ganze Forschungsfelder erschlossen werden können. Die Planungs- und Konzeptionsphase der Projekte muss jeweils bereits so weit fortgeschritten sein, dass am Ende des Fellowships eine konkrete Antragseinreichung erfolgen kann.