Die Arbeit des Jakob-Fugger-Zentrums wird durch einen wissenschaftlichen Beirat kritisch begleitet und unterstützt. Der Beirat ist mit hochrangigen Vertreter/Innen aus Wissenschaft und Wissenschaftsmanagement besetzt, die dem Jakob-Fugger-Zentrum ihre Expertise zur Verfügung stellen. Insbesondere berät der Beirat das Jakob-Fugger-Zentrum zur Qualität und Durchführbarkeit wissenschaftlicher Projekte sowie zur Finanzierung von Forschung durch öffentliche und private Gelder.