Neben dem humanmedizinischen Studiengang verantwortet die Medizinische Fakultät auch den Medizinanteil des Bachelor- sowie des Masterstudiengangs Medizinische Informatik. Ansprechpartner an der Medizinischen Fakultät ist Dr. Felix Müller-Sarnowski.

Mit der Ausbildung von sogenannten „data scientists“ für die Medizin fügt sich das Studienangebot in idealer Weise in die Forschungsschwerpunkte der neuen Medizinischen Fakultät ein und stärkt die erfolgreiche Entwicklung der Augsburger Informatik mit interdisziplinären Studienangeboten wie Wirtschafts-, Geo- oder Ingenieurinformatik.

Der Bachelorstudiengang Medizinische Informatik startete zum Wintersemester 2018/19, der Masterstudiengang folgte zum Wintersemester 2021/22.