Das imwk wird von einem kollegialen Leitungsteam (Direktorium) geführt, das den laufenden Lehr- und Institutsbetrieb koordiniert. Das Direktorium setzt sich zusammen aus den regulären Professor_innen des Instituts und einer Vertretung der wissenschaftlichen Mitarbeiter_innen. Geschäftsführende Direktorin ist derzeit Prof. Dr. Helena Bilandzic, ihr Stellvertreter  Prof. Dr. Jeffrey Wimmer.

Das Leitungskollegium entscheidet über Angelegenheiten, die das Institut als Ganzes oder seine Studiengänge betreffen. Dazu gehört die Weiterentwicklung von Studiengängen und ihrer Lehrprofile, aber auch die wissenschaftliche Ausrichtung des imwk.