Bereits kurz nach der Gründung der Universität kamen mit der Bibliothek der Philosphisch-Theologischen Hochschule Freising wertvolle alte Drucke an die Universitätsbibliothek.

Die bedeutendste der in den Jahren darauf erworbenen Sondersammlungen ist die Oettingen-Wallersteinsche Bibliothek mit ihren mittelalterlichen Handschriften und ihrem umfangreichen Bestand an Drucken des 16.-18. Jahhunderts.

In der Bibliothek des Cassianeums liegt der Schwerpunkt auf Drucken des 19. und frühen 20. Jahrhunderts. Sie enthält reichhaltiges Material für Forschungen zur Pädagogik, zur Theologie und zur populären Literatur.

Von überregionaler Bedeutung sind weitere Sondersammlungen zur deutschen Literatur des 20. Jahrhunderts sowie zu christlicher und jüdischer liturgischer Musik.

Die Bestände der Sondersammlungen unterliegen teilweise besonderen Benutzungsbedingungen.